扫描电镜主要是由电子光学系统和显示单元组成，它是由电子枪、磁透镜、扫描线圈以及样品室组成。电子枪与透射电镜的电子枪基本相同，只是加速电压较低，一般在40kV以下。

　　磁透镜有第一、二聚光镜和物镜，其作用与透射电镜的聚光镜相同：缩小电子束的直径，把来自电子枪的约30μm大小的电子束经过第一、二聚光镜和物镜的作用，缩小成直径约为几十埃的狭窄电子束。

　　这是由于扫描电镜的分辨率主要取决于电子束的直径，所以要尽可能缩小它，为此，物镜还装备有物镜可动光栏和消散器。一个带有扫描电路的偏转线翻通以锯齿波的电流，产生的磁场作用于电子束使它在样品上扫描。

　　扫描电镜的真空系统也与透射电镜的真空系统相似，由机械泵、扩散泵、检测系统、管道及阀门等组成。样品室位于镜筒的底部。为了能观察大块样品，样品室是大于透射电镜的。与透射电镜一样，扫描电镜的镜筒也有一套合轴调整装置，但相对比较简单。

　　显示系统包括信号的收集、放大、处理、显示与记录部分。显示和记录部分包括两个显像管和照相机。一个显像管是长余辉的，用于观察;另一显像管是高分辨率的、短余辉的，用于照相。

　　扫描电镜样品的处理过程：

　　主要包括表面清洁、固定、漂洗和脱水等过程，基本上与透射电镜样品的处理方法相似,但也有其特殊之处。

　　1. 样品大小　所切取样品比透射电镜样品稍大一些，为8～10mm2，高约5mm。

　　2. 清洁表面　清洁表面并充分暴露样品表面。常用清洗液有蒸馏水、生理盐水、缓冲液及含酶的清洗液等。

　　3. 固定和脱水　常用的固定方法是戊二醛-四氧化饿双重固定，也可用戊二醛单固定法。

　　常用脱水剂是乙醇或丙酮。脱水剂浓度梯度增加，从30%或50%开始至100%进行脱水；易变形样品脱水剂浓度梯度宜缓慢递增。

　　4. 样品的干燥　脱水后，需要将样品中的脱水剂*挥发干净，即样品干燥。其方法有：空气干燥 、真空干燥、冷冻干燥和临界点干燥。

　　5. 样品表面导电处理　用金属镀膜法和组织导电处理技术，一是可增强导电能力，消除荷电效应；二是增加样品表面二次电子发射率，加强讯号，提高图像反差。

　　（1）金属镀膜：使样品表面覆盖薄层金属膜，这层薄膜与样品表面的凹凸形态*一致，使标本表面的形貌得以反映。常用的金属有金、铂、钼、或金/铂、铂/铯合金。镀膜的方法有真空镀膜法和离子溅射法。

　　（2）组织导电技术：其目的是为提高导电率克服生物材料的荷电效应，提高样品表面二次电子发射率。组织导电处理也称导电染色，是利用某些金属盐类能与生物材料中的蛋白质、脂类和淀粉等结合，使样品表面离子化，使组织导电性增加；并且提高二次电子的发射率。可用醋酸铀、碘化钾、丹宁酸等处理标本。